> 使用 Rmarkdown 创建(可重复的)报告 在 Radiant 中存储工作的最佳方式是使用 “报告> Rmd” 功能,并保存包含所有结果和设置的状态文件。Radiant 的报告功能应与大多数页面左下角显示的图标结合使用。 “报告> Rmd” 左侧的编辑器中,以**R 代码块**形式显示过往命令。这些 “代码块” 可包含你输入的 R 代码,或 Radiant 生成的代码(点击图标后添加到报告中)。所有代码块均以````{r}`开头,以`````结尾。 默认情况下,Radiant 会将你刚完成的分析所生成的 R 代码添加到报告底部。点击图标后,Radiant 默认会切换到 “报告> Rmd” 标签页。点击左侧编辑器窗口并向下滚动,即可看到生成的命令。 如果你想更精确地控制 Radiant 生成的 R 代码在报告中的位置,可在 “报告> Rmd” 标签页的相应下拉菜单中选择 `手动粘贴`而非 `自动粘贴`。选择 `手动粘贴` 后,点击时,代码会被复制到剪贴板,你可将其粘贴到编辑器窗口的任意位置。 如果你从 RStudio 启动 Radiant,还可选择将命令发送到 RStudio 中打开的 Rmarkdown(R 代码)文档,方法是在下拉菜单中选择 “> Rmd”(或 “> R”)而非 “自动粘贴” 或 “手动粘贴”。选择 “> Rmd” 后,“报告 > Rmd” 中的编辑器会隐藏(即 “仅预览”),点击 “编译报告(Rmd)” 会直接从 RStudio 获取文本和代码。 默认情况下,点击图标后,应用会切换到 “报告> Rmd” 标签页。但如果你不想在点击该图标后切换标签页,可在 “报告 > Rmd” 标签页的相应下拉菜单中选择 `不切换标签页`。当选择 “> Rmd” 时,“不切换标签页” 为默认选项。 你可以添加文本或额外命令来创建 Rmarkdown 文档。Rmarkdown 文件(扩展名为.Rmd)是纯文本文件,可在记事本(Windows)、文本编辑(Mac)、RStudio、Sublime Text 或任何其他文本编辑器中打开。请**不要**使用 Word 编辑 Rmarkdown 文件。 使用 Rmarkdown 的强大之处在于,你无需重新生成所有必要的 R 代码,就能快速复现整个分析。点击屏幕左上角的 “编译报告(Rmd)” 按钮后,分析输出会被(重新)生成并显示在 “报告 > Rmd” 页面的右侧。要仅执行报告的一部分,用光标选中该部分并按`CTRL-enter`(Mac 上为`CMD-enter`)生成(部分)输出。 你可以在代码块周围添加文本、项目符号、标题等,使用markdown格式描述和解释结果。如需交互式 markdown 教程,请访问[commonmark.org](https://commonmark.org)。 如果你从 RStudio 启动 Radiant,可将报告保存为多种格式(即笔记本、HTML、Word、PowerPoint 或 PDF)。有关生成 PowerPoint 演示文稿的更多信息,参见https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/powerpoint-presentation.html。要保存编辑器中打开的 Rmarkdown 文件,选择 `Rmd`(或 `Rmd + Data(zip)`)并按 `保存报告` 按钮。之前保存的 Rmarkdown 文件可通过 `加载报告` 按钮加载到 Radiant 中。 你也可以点击 `读取文件` 按钮浏览文件,并生成将其读入 Radiant 的代码。例如,读取 rda、rds、xls、yaml 和 feather 格式的文件并将它们添加到 “数据集” 下拉菜单中。你还可以读取图像、R 代码和文本(如 Rmd 或 md)以包含在报告中。如果你想要加载的文件类型当前不支持,会返回文件路径。如果 Radiant 从 RStudio 项目启动,使用的文件路径将相对于项目根目录。同步到本地 Dropbox 或 Google Drive 文件夹的文件路径会使用`find_dropbox`和`find_gdrive`函数,以增强可重复性。 ## 状态 保存分析和设置的最佳方式是,通过点击导航栏中的图标,然后点击 `保存 Radiant 状态文件`,将应用程序的 “状态” 保存到文件中。状态文件(扩展名为 rda)将包含:(1)Radiant 中加载的数据;(2)你正在进行的分析设置;(3)“报告 > Rmd” 和 “报告 > R” 中的所有报告或代码。将状态文件保存到硬盘,当你准备继续工作时,只需通过导航栏中的图标,然后点击 `加载 Radiant 状态文件`加载它即可。 如果你在课程中使用 Radiant,建议使用 “报告> Rmd” 功能完成作业和案例分析。完成后,点击 `保存报告` 按钮生成(HTML)笔记本(或 Word、PDF)报告。同时提交报告和状态文件。 ## 选项 “报告> Rmd” 和 “报告 > R” 中使用的编辑器有多个选项可在`.Rprofile`中设置。你可以使用`usethis::edit_r_profile()`修改`.Rprofile`中的设置。 ```r options(radiant.ace_vim.keys = FALSE) options(radiant.ace_theme = "cobalt") options(radiant.ace_tabSize = 2) options(radiant.ace_useSoftTabs = TRUE) options(radiant.ace_showInvisibles = TRUE) options(radiant.ace_autoComplete = "live") options(radiant.powerpoint_style = "~/Dropbox/rmd-styles/style.potx") options(radiant.word_style = "~/Dropbox/rmd-styles/style.docx") options(radiant.theme = bslib::bs_theme(version = 4, bootswatch = "darkly")) ``` 说明: * `vim.keys`启用一组特殊的键盘快捷键。如果你从未使用过 VIM,可能不需要开启此选项 * 有关可用的编辑器主题概述,参见:`shinyAce::getAceThemes()` * 默认情况下,制表符会转换为 2 个空格(即 “软制表符”)。你可以将使用的空格数从 2 更改为例如 4 * `showInvisibles`在编辑器中显示制表符和空格 * 自动完成有 “live”“enabled” 和 “disabled” 三个选项 * Radiant 对 Word 和 PowerPoint 文件有默认样式。不过,这些样式可替换为你创建的样式文件。点击下方链接将 Radiant 中使用的样式文件下载到你的电脑。编辑这些文件,并使用上述`options`函数告知 Radiant 你想要使用的样式文件位置。 * Word 样式文件 * PowerPoint 样式文件 * `theme`选项可用于更改 Radiant 界面的外观。有关可用主题的概述,参见:https://rstudio.github.io/bslib/articles/theming/index.html#bootswatch ### R 函数 有关 Radiant 中用于生成可重复报告的相关 R 函数概述,请参见*报告*