结节分割模型训练、测试流程 ========================================= 训练 ------------------------------- * 脚本: train.py * config文件变量:train.py中的path * config文件中需要修改的参数 * base_path: 模型weights存储的基础路径 * prefix:模型存储的folder名字 * train_file/val_file:训练、验证数据所在的路径,需要根据服务器实际训练、测试数据路径修改 * 流程: * 修改上述参数 * 修改train.py中指定的gpu【os.environ["CUDA_VISIBLE_DEVICES"]="1"】 把"1" 改为可使用的gpu 号 * 运行脚本:python train.py * 运行结束后会显示存储结果到base_path/prefix/history.json 评估 -------------------------------- * 找到loss最低的weights: * 路径在在训练阶段指定的base_path/prefix目录下,weights以Train-epoch_number-loss_value.hdf5的形式存储。找到epoch_number最大的一个hdf5是最好的weights(loss最低),记录器loss值(loss_value)部分 * 上个版本结果(train_loss):weights名字为Train-25-0.81136.hdf5,loss为0.81136.hdf5 测试(当前版本不使用) ------------------------------- * 脚本:test.py * config文件变量:test.py中的path * 对应config中需要修改的参数: * pre_model_file:训练中loss最低的模型的weights。在训练阶段指定的base_path/prefix目录下,weights以Train-epoch_number-loss_val.hdf5的形式存储。找到epoch_number最大的一个hdf5是最好的weights,将其完整路径写在pre_model_file下。如:/hdd/disk4/Segmentation/Weights/GroupLungUnetTestAtrous24Stride16_TLossNoBShenheDataAddXK01_FilterLarge_ChangeParamsIncreaseDiameterEnlargeRatio_0525/Train-36-0.78317.hdf5 * test_file:指定测试数据的路径,修改成服务器上测试patch的绝对路径 * 流程: * 修改上述参数 * 修改test.py中指定的gpu * 运行脚本:python test.py * 统计结果: * 目前结果统计是按照: 全部结节/0-4mm/4-10mm/10-30mm/30mm以上/4mm以上(相对比较有临床意义)统计的 * 与声称结果对比